L'Istituto dispone di 3 Centri Aziendali dove svolge le attività di propria competenza.
Azienda Luparello
Sede dell'Istituto, sita in via Roccazzo n°85. Gli Uffici Amministrativi e Tecnici, la Direzione , il Consiglio di Amministrazione e la Biblioteca sono ubicati all'interno della Villa Luparello; i Laboratori di Analisi e la Sala Convegni "F. Tucci" sono ubicati nelle strutture adiacenti la Villa. L'Azienda ha una superficie agricola utilizzabile di circa 50 ha ed è fornita di strutture di allevamento comprendenti ovili, sala mungitura con mungitrice meccanica, stalla, caprile, porcilaia, scuderia, fienile, concimaie e magazzini.
Presso il Fondo sono ubicati alcuni Centri Strumentali:
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Stazione di Quarantena per Blue Tongue.
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Stazione di Monta Equina.
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Parco Zootecnico.
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Centro Faunistico Venatorio.
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Centro Pubblico di Selvaggina.
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Laboratorio di Fecondazione Artificiale.
La superficie agraria viene coltivata con diverse specie foraggiere destinate principalmente all'alimentazione dei capi di bestiame allevati in azienda.
Azienda Tono di Spartà - Centro Avicolo
L'Azienda si trova in una posizione geografica fra le più belle ed interessanti, dal punto di vista ambientale, della Sicilia. In provincia di Messina sulla statale che porta a Ganzirri a 100 metri dal mare sorgono le strutture dell'azienda, una villa risalente alla fine dell'800 ed una struttura più recente che un tempo ospitava una scuola. Per svariati anni sono state svolte, in tale azienda, tutte le attività legate alla salvaguardia e diffusione delle razze avicole autoctone.
Proprio per la sua posizione geografica ha cambiato destinazione d'uso ed ospiterà un Centro Strumentale di grande rilevanza ambientale. Centro per la Tutela e la Conservazione della Fauna Selvatica Siciliana.
Azienda Giardinello
L'azienda Giardinello, sita in agro di Godrano, ha un'estensione di circa 250 ettari con prevalente indirizzo cerealicolo-zootecnico, vengono coltivate la maggior parte delle specie foraggiere necessarie all'alimentazione dei capi dell'Istituto. Per la sua posizione geografica è un'azienda rappresentativa delle aree interne regionali. Costituisce l'ambiente ideale per l'allevamento estensivo di specie e razze siciliane che sono un prezioso patrimonio zootecnico fonte di variabilità genetica necessaria per qualsiasi programma di selezione e salvaguardia delle razze in via di estinzione. In tale azienda è concentrato il patrimonio zootecnico dell'Istituto e sono presenti in numero cospicuo tutte le razze rappresentate presso l'Azienda Luparello. In collaborazione con altre Istituzioni di ricerca vengono realizzati la maggior parte dei Progetti di Ricerca e Sperimentazione. Nell'azienda è presente un Centro Strumentale: Caseificio Sperimentale.